Il 4 luglio 1988 è stato aperto nella diocesi di Gozo il processo per la beatificazione di Madre Margherita. Dopo aver raccolto molto materiale documentario e sentito molti testimoni, il 22 gennaio 2000 il processo diocesano è stato chiuso e il 17 febbraio 2000 è stato aperto quello presso la Congregazione dei Santi a Roma.
Il 4 marzo 2004 è stata presentata alla Congregazione dei Santi a Roma la Positio sulla vita e le virtù di questa grande donna.
Il 21 gennaio 2014, i Cardinali e i Vescovi teologi hanno riconosciuto unanimi, le virtù eroiche della Madre. Il Santo Padre Francesco l’ha dichiarata, Venerabile con il decreto del 27 gennaio 2014.
